O Núcleo Islâmico acolhe um vasto e diversificado espólio arqueológico de época islâmica procedente de intervenções realizadas em vários locais.

1. Cantil do gato
Do século XI, tem a cabeça de um gato com olhos e bigodes. As orelhas são representadas pelas asas.

2. Vaso de Tavira
Do século XI, vaso com bordo em tubo de onde se elevam 12 figuras. 

3. Tinteiro
Do século XIII, com motivos arquitectónicos  e uma depressão quadrangular que poderia destinar-se a areia.

4. Bocal de Poço
Exibe motivos dispostos em banda e realizados em corda seca total.

5. Pia de abluções
Apresenta quatro flores de lótus no fundo intercaladas por quatro botões da mesma flor.