Cobrindo uma área de cerca de 8.400 quilómetros quadrados, o Vatnajökull não só é o maior glaciar da Islândia, como também o maior da Europa.

Com uma espessura média de cerca de 900 metros, o manto de gelo tem cerca de 30 línguas de glaciares de saída, muitas das quais estão a recuar devido ao aumento das temperaturas. Os glaciares de saída mais proeminentes do Vatnajökull incluem o Dyngjujökull, a norte, e o Breiðamerkurjökull e o Skeiðarárjökull, a sul.

O Vatnajökull também esconde alguns dos vulcões mais activos do país, dos quais o Bárðarbunga é o maior e o Grímsvötn o mais activo. As erupções periódicas destes vulcões derretem o gelo circundante e criam grandes bolsas de água, que podem frequentemente rebentar o gelo enfraquecido e causar inundações glaciares, ou "jökulhlaup" em islandês.

Durante estas jökulhlaups, a água de fusão do glaciar transporta sedimentos e areias compostas por cinzas para a costa. Estas planícies de inundação são designadas por "sandurs" e encontram-se frequentemente na Islândia. Skeiðarársandur, a grande área de areia negra, visível a sul do glaciar Skeiðarárjökull, cobre uma área de cerca de 1.300 quilómetros quadrados e formou-se quando os rios glaciares da região transportaram cinzas e gelo para o mar.